董卓見呂布戰(zhàn)敗，盟軍勢(shì)大，燒洛陽，逼獻(xiàn)帝遷都長(zhǎng)安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅(jiān)在宮井中得到傳國(guó)玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國(guó)安飾）與袁紹發(fā)生摩擦，去了揚(yáng)州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅(jiān)攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時(shí)，司徒王允在長(zhǎng)安設(shè)下連環(huán)計(jì)，讓董卓和呂布為爭(zhēng)奪歌JI貂嬋而發(fā)生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰(zhàn)中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務(wù)農(nóng)，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮(zhèn)東將軍，屯駐兗州。這時(shí)，曹操老父被黃巾降將所害，操為報(bào)父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務(wù)。曹操與呂布混戰(zhàn)，收復(fù)兗州。

金庫(kù)的寶石一顆不剩全被盜走，博人等人解決的事件正是白夜團(tuán)用來轉(zhuǎn)移注意力的佯攻，自稱義賊的白夜團(tuán)在各個(gè)村子興風(fēng)作浪，但卻從來沒有留下作案痕跡。佐良娜通過金庫(kù)前冰結(jié)的鮮花推斷對(duì)方是會(huì)使用冰盾的忍者，他們通過這點(diǎn)著手展開了調(diào)查，掌握到白夜團(tuán)的行蹤的博人一行也看到了被白夜團(tuán)幫助的村民，眼前的一切讓博人不知該如何來衡量善惡。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰(zhàn)，佐良娜和博人聯(lián)手對(duì)抗新希攻防一體的忍術(shù)“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對(duì)手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學(xué)忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場(chǎng)，博人意識(shí)到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現(xiàn)了。

孫堅(jiān)死后，其子孫策（濮存昕飾）謀求大業(yè)，身居袁術(shù)帳下。孫策勝仗連連，居功至偉，但袁術(shù)生怕功高蓋主，對(duì)孫策異常冷落。孫策與遺臣程普、黃蓋商議后，決定用傳國(guó)玉璽跟袁術(shù)換得兵馬，進(jìn)兵江東，力圖大業(yè)。在進(jìn)兵途中，孫策遇到了結(jié)拜兄弟周瑜（洪宇宙飾），兩人決定合兵一處。孫策與周瑜商議先收攬江東才俊，然后攻陷劉繇。一翻大戰(zhàn)之后，孫策人才盡覽，立足江東，袁術(shù)悔之晚矣。

這次的中忍考試將是一次重大的活動(dòng)，會(huì)有許多其他村子的來賓到訪，而作為領(lǐng)隊(duì)老師的木葉丸等人更加緊張，因?yàn)橹腥炭荚噷Q定下忍們的未來。說到推薦參賽人員，木葉丸等人和志乃老師一起回憶起了這批學(xué)生們的過往，每個(gè)學(xué)生都很優(yōu)秀，而其中最優(yōu)秀也是最讓人頭疼的則是博人，木葉丸開始猶豫要不要讓博人參加考試。