少年偵探團(tuán)，在機(jī)緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會(huì)的會(huì)場(chǎng)。后來(lái)在餐廳外，歹徒當(dāng)著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團(tuán)拿著TWO-MIX最新的歌曲練習(xí)帶去交換人質(zhì)，歹徒在電話里讓少年偵探團(tuán)把警察甩掉并讓步美一人前去，于是柯南和步美調(diào)換身份。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時(shí)，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f(shuō)倉(cāng)庫(kù)里有麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜，這種重要線索柯南自然不會(huì)放過(guò)，他和警察一起去找樂(lè)譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說(shuō)出真相。

在關(guān)西知名度極高，與工藤新一同為高中生名偵探的服部平次來(lái)到毛利偵探事務(wù)所尋找新一，想要與新一一爭(zhēng)高下。而他隨毛利小五郎前往事件的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，卻入了兇手之圈套，做出了錯(cuò)誤的推理。就在他指出“兇手”，且“兇手”，自己也承認(rèn)了的時(shí)候，工藤新一的聲音卻在門口響起。原來(lái)柯南在重感冒的情況下，喝下了服部平次帶來(lái)的【老白干】，身體意外的變回了原狀。他完美的分析了整個(gè)案件的作案過(guò)程，并揪出了真正的兇手。而就在這時(shí)，他再次變回了柯南......

小五郎的學(xué)長(zhǎng)寺岡請(qǐng)他們吃烤肉的時(shí)候，突然接到一個(gè)名叫松山的人的電話，為勸說(shuō)此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其后，到達(dá)碼頭后，寺岡單獨(dú)去見松山，可不一會(huì)兒，大家就聽到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說(shuō)手槍上除了寺岡和松山還有第三個(gè)人的指紋，柯南仔細(xì)思考之后，斷定這枚指紋就是讓犯人認(rèn)罪的完美證據(jù)。