一個(gè)名叫護(hù)田的男子來到毛利偵探事務(wù)所。說是要找亡妻的手表，但當(dāng)他聽到毛利小五郎的名字時(shí)又打算逃走，此時(shí)少年偵探團(tuán)的各位自告奮勇接受委托。在尋找亡妻的手表的過程中護(hù)田的房東出月在房間里看電影。突然在那個(gè)房間傳來有東西破碎的聲音后出月竟然被花瓶砸死！看似是外部作案的現(xiàn)場(chǎng)卻遺留了眾多的疑點(diǎn)。

當(dāng)大家趕到神像處時(shí)，榮造早已氣絕身亡，聞?dòng)嵹s來的警察也迅速介入調(diào)查，當(dāng)前唯一可以確定的是，兇手就在當(dāng)時(shí)搭乘纜車的人之中，柯南注意到了山下的工人休息室便趁大家不注意的時(shí)候跑去調(diào)查，卻在這里發(fā)現(xiàn)……有了這樣?xùn)|西，一切謎題迎刃而解，他提出讓大家再次搭乘纜車以場(chǎng)景重演的建議，并麻醉小五郎說出了事情的真相。

少年偵探隊(duì)本來是跟著阿笠博士一起出來露營(yíng)，沒想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進(jìn)洞探險(xiǎn)，卻在這里碰到了一伙兒搬運(yùn)尸體的歹徒，而柯南為了掩護(hù)大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團(tuán)剩下的三人會(huì)采取什么樣的行動(dòng)？

服部在參加劍道比賽的時(shí)候，竟然發(fā)生了命案，死者是大學(xué)生劍道選手垂見，然而奇怪的是，尸體不知道被什么人從第二會(huì)館倉庫搬到了游泳池的更衣室，為了趕在柯南等人到達(dá)大阪之前破案，服部匆忙離開比賽會(huì)場(chǎng)展開調(diào)查，雖然與垂見同隊(duì)的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但卻找不到有力的證據(jù)也無法解釋尸體如何移動(dòng)，就在服部著急破案之時(shí)，服部的勁敵沖田上場(chǎng)連連擊敗他的隊(duì)友。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時(shí)，君惠說她有今年祭典購買號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？