小五郎帶蘭和柯南來到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來休閑的女大學生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當他昏昏欲睡之時，河邊突然出現了異變。河水突然變紅，順水而下居然有一具尸體飄了過來，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來后大家驚覺這居然是剛才的女大學生之一的秋葉夕子。

阿笠博士中獎拿到了餐飲券，少年偵探團便跟著來到了位于米花百貨商店頂樓的高級餐廳，但是那里的主廚卻被人刺中腹部受到重傷。柯南見狀馬上聯系了百貨商店各處的偵探團成員，正在挑選禮物的步美等人立馬去樓梯口尋找犯人的下落，但當警察來后他們三人的證詞卻完全不一樣。

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因為思念死去的妻子三妹才日日借酒澆愁，唐昊借口回來拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發誓要做最厲害的魂師，希望學成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗了唐三的武魂就放行，學員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學苑當附課生，而且學費和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認是藍銀草，柳龍對這個廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據他的研究推測唐三應該不止一個武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學禮，還簡單介紹了學苑的情況，玉小剛讓唐三

毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進門后三人發現桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發現了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們去了何處。正在這時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。

死者被殺時手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發現場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運用了什么手法來作案的呢？