為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進(jìn)行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個人在案發(fā)時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發(fā)高燒的情況下想起過去碰到的命案。那是與新一去紐約時發(fā)生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開演前的舞臺陳設(shè)，不想這時卻發(fā)生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無法躲避，危機(jī)時刻，小蘭挺身而出。

柯南與少年偵探團(tuán)與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉(zhuǎn)播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉(zhuǎn)會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個赤野在支持者混雜的電車內(nèi)被殺害了。在柯南等各位少年偵探團(tuán)的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時灰原卻默默的走離人群？

藤枝干雄被殺，雖然家中每個人的反應(yīng)有著微妙的差別，但卻都有不在場證據(jù)。在警方的調(diào)查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內(nèi)部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發(fā)現(xiàn)了新的疑點。在父親工藤優(yōu)作的暗示基礎(chǔ)上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。