在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時，柯南像是想到了什么，他獨自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒想到的是對方居然帶領(lǐng)了一大波人……

柯南和小蘭來到妃英理的事務(wù)所，期間，女子柔道冠軍有沢悠子前來拜訪，為了商量讓她丈夫困擾的跟蹤狂事件，一行人準(zhǔn)備前往有沢家調(diào)查，不想出發(fā)前，她的丈夫說自己正在參加朋友的守靈可能會晚點回去，于是大家決定吃完晚飯再去會面，沒想到當(dāng)柯南他們?nèi)缂s到達(dá)時，有沢的丈夫已經(jīng)陳尸家中，柯南和妃英理都察覺到有沢悠子很可疑，可是她卻有不在場證明。

一名老護士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個人，為找出那個在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計，他直接與這三個嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來的行動中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

少年偵探團、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時間內(nèi)的不在場證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時也沒出過房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實很近。可是，島木說自己確實在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實。而最終萬田也承認(rèn)了自己的罪行。

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因為五年前他曾有過含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。