阿笠博士帶著少年偵探團一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學生井村，他們用備用鑰匙進了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認為這是意外事件，就在他們準備結(jié)案時，柯南說出了真相！

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個為自己負傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領(lǐng)悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現(xiàn)！但當魔犬撲過來時眾人發(fā)現(xiàn)魔犬其實只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個小女孩在一起，同時照片上還出現(xiàn)了一個行蹤可疑的男人。這時，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進行尋找時，陽菜和小蘭遇到了危險。

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實，而此時柯南喝下了回國用的解毒劑暫時以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。