柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號，在通過隧道的時候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說一模一樣，期間一個言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

對暗號進(jìn)行仔細(xì)研究后，柯南將其破解，順著暗號的指引，他們找到了暖爐下新的圖案，只是這個暗號指向了盤子，一切又回到了原點，柯南百思不得其解，之后，他注意到這些帶有暗號物品的擺設(shè)位置，將他們連成一線，沒錯，機(jī)關(guān)就是天花板上的吊燈，將吊燈旋轉(zhuǎn)后，二樓的密室被打開，然而這個閣樓上居然有一堆白骨！

收到市川產(chǎn)業(yè)的會長的委托而且參加了在會長家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會長的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來趕往會場的時候市川卻因為突發(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因為突發(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。

小蘭為了讓她父母親之間的感情有機(jī)會復(fù)合，便策劃了一場海灘之旅，大家在這里認(rèn)識了幾名大學(xué)生，但其中一個叫貴和子的女生在潛水的時候被海蛇咬到而有生命危險，之后，小蘭回想起自己看到的海蛇身上有兩個小翅膀一樣的東西，然而這個看似意外的事件，其實是有人蓄意操作。

少年偵探團(tuán)在廢棄大樓為園游會練習(xí)的時候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木兩位警官的追擊下闖了進(jìn)來，嫌犯從屋頂逃到隔壁的美術(shù)館，但佐藤警官還是在廁所將他逮捕，但由于操作失誤，她將自己和歹徒都用手銬銬住無法自由活動，嫌犯東田聲稱他是無辜的，逃跑完全是為了參加女兒的婚禮，最后佐藤警官決定讓高木和少年偵探團(tuán)在一定的時限中找到真兇。