步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

和葉的風(fēng)車給了服部提示，同時(shí)柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測(cè)后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結(jié)了升岳寺案件后，小五郎連夜驅(qū)車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺(tái)在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！

因?yàn)榭履虾湾⒗硪恢毕氩怀鱿右扇擞袥g悠子所使用的手法，小蘭趁機(jī)慫恿妃英理打電話給小五郎，沒想到電話另一頭卻傳來打麻將的聲音，氣憤的妃英理掛掉電話后，突然想起了小五郎以前常常使用的錄音小把戲，如果死者也曾使用同樣的手法騙有沢悠子的話，那么關(guān)于這起案件的所有的疑問都能迎刃而解。

小五郎應(yīng)邀去一個(gè)劇團(tuán)監(jiān)控現(xiàn)場(chǎng)狀況，查看中柯南誤入道具室，沒想到他竟然在那里聽到了演員駒塚的殺人計(jì)劃，而且自己還十分不幸的被駒塚發(fā)現(xiàn)并監(jiān)禁了起來，計(jì)劃逃跑的這段時(shí)間內(nèi)，演員伴野和矢吹陸續(xù)來到這里在道具上做手腳，得知了三個(gè)心懷鬼胎的人所制定的殺人計(jì)劃后，柯南能否在戲劇開始前阻止他們的殺人行動(dòng)？

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！