莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

小月、莫愁趁夜色正濃，救洪御史出逃，但因翻找藏在石料間的帳本，耽擱了時間，未及上路，即被尚榮等圍追堵截。洪霞以御扇相威脅，無奈尚榮橫下心來，必置之死地而后快。 尚榮親審洪御史，曲陽縣令仗義執言，通融不成。尚榮判洪家父女與小月三人斬立決。千鈞一發之際，皇上一行匆匆趕到，一見此景，直隸總督尚榮頓時全身發軟，癲倒在地。 三百里流放之路走下來，里里長見識，里里有故事，并抓獲了修建望春園時貪污經費的元兇，真是不虛此行。但為了小小地教訓一下沒少難為自己的紀曉嵐和總是又瞞又洪的和，找回心理平衡，皇上有意找碴把二人又關進大牢。 在紀曉嵐眼里，和是一個以邀諂媚為己任的小人，而和則說紀曉嵐聰明反被聰明誤，無端招惹是非。皇上離不開兩位讓人讓人愁的臣子，竟來到獄中與二人做起了文字游戲。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

紀曉嵐口若懸河，矛頭直指十四王爺。其慎密嚴謹的邏輯分析和出類拔萃的語言天才，贏得滿堂注目，王爺眼看走投無路，惟有一死謝罪，硬著頭皮吞下“回春丹”，咽了茶，卻不想又落入紀曉嵐的圈套，貽笑大方。 和與福康安對紀曉嵐此番搶了頭功頗為不悅，又暗暗慶幸自己的非法作為未被追究。來日方長，誰知道下一回合又是誰占上風。 一日，和以一古硯巴結皇上，紀曉嵐慧眼如炬，制為贗品，和氣得發昏，發誓要搞到稀世珍品，即再次上當，在皇上面前苦不堪言，但他亦非酒囊飯袋，亦會巧施小計難為紀曉嵐。只是魔高一尺道高一丈，紀曉嵐敏學巧思，以絕頂聰明之頭腦免去了為其更衣脫靴之難堪，反贏得皇上哈大笑。 福康安向和奉上一本《紅樓夢》，誣為反清復明的作品，因作者之妻與紀曉嵐聯系，不怕從中找不到紀曉嵐的把柄，和趁皇上、太后去泰山祭拜之前，大進讒言，詆毀《紅樓夢》，皇上被其鼓惑，草率地下令查禁此書。莫愁閑來無事，散步街頭，忽見一白衣秀發女子被官兵追殺，行俠仗義之心油然而生。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。