小五郎和警察立刻對與死者有關(guān)的人士展開偵訊，雖然三個嫌疑犯都很有犯案的動機，可是卻苦于找不到證據(jù)而且殺人手法也難以破解，當(dāng)晚，柯南發(fā)現(xiàn)了小五郎早早就準(zhǔn)備好放在枕頭底下的禮物，并且還從他的夢話得到了啟示。為了給小五郎在這個特殊的日子提供表現(xiàn)的機會，柯南暗中提醒，所幸小五郎一點就通知道了兇及其犯案的手法。案件結(jié)束后，小五郎深情款款拿出禮物，可是這個迷糊的偵探卻記錯了日子。

根據(jù)巖石上的暗號以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個同伴吵鬧著要離開一角巖時，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質(zhì)想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

就在光彥撥通報警電話之時，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團的各位陷入了危機，就在這時步美注意到柯南發(fā)出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機打電話來分散犯人的注意力，但因為聲音太大反而引發(fā)了犯人的注意。而此時犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

對時鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時鐘的零點報時后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報時的大時鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因為為好友報仇而殺人的事實。

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個人來”的信息！而就在柯南追過來之后發(fā)現(xiàn)險遭毒手的萬由美。在眾人調(diào)查神社時得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。