繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒有發(fā)現(xiàn)其他的蛋糕上有毒。于此同時，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運(yùn)用了一種名為陰影鉆石錯視的會引發(fā)視覺錯覺的形狀，總算讓若松社長的死亡訊息再次顯現(xiàn)出來，而現(xiàn)實(shí)出的字母竟是SON。

從火災(zāi)現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要?dú)⒑︷^長的三人卻反被殺害，而初穗承認(rèn)自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當(dāng)防衛(wèi)，在這個事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？

柯南與伙伴們一起搭乘上了鈴木號特快車參加活動，位于八號車的伙伴們神情非常詭異，車廂里舉辦的是推理游戲，柯南和少年偵探團(tuán)等人也順勢參加，而小哀能夠清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在進(jìn)行的推理游戲竟然轉(zhuǎn)變成了真正的密室殺人事件，柯南能從人群中揪出兇手來嗎？

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場先生時發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會中撫養(yǎng)長大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過程中與山崎小姐發(fā)生爭執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來到活動中心時花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場抓住，但事件的真相到底是什么呢？