柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們?nèi)プ约杭胰胱?，大伯的弟弟阿保熱情招待他們，就在這個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

一群人為長門會(huì)長慶祝生日的時(shí)候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時(shí)大家在樓下的陽臺(tái)上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時(shí)，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。

兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發(fā)現(xiàn)兇手就在屋內(nèi)，并且否定了兇手是老板的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應(yīng)，對(duì)柯南產(chǎn)生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老板和綾子的手法。為了保護(hù)自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，可讓他沒想到的是，就是這個(gè)舉動(dòng)讓服部肯定了柯南就是工藤。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號(hào)，防止基德混入其中，這時(shí)，船內(nèi)突然暗了下來，光束中基德出現(xiàn)，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請來的真田魔術(shù)師，小蘭在紙牌魔術(shù)中抽到了基德的留言，而這時(shí)一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動(dòng)不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來到機(jī)房說他已知道誰是基德……

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹找貓的時(shí)候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……