少年偵探隊本來是跟著阿笠博士一起出來露營，沒想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進洞探險，卻在這里碰到了一伙兒搬運尸體的歹徒，而柯南為了掩護大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團剩下的三人會采取什么樣的行動？

備前千鶴在飯店房間里上吊，因而被眾人認為是自殺。在柯南的啟發(fā)下小五郎發(fā)現(xiàn)千鶴是他殺的肯能性。在警方的詢問下眾人都有殺害千鶴的肯能。在調(diào)查飯店的屋頂之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人飛翔一般的作案手法和留下的證據(jù)。在證據(jù)面前兇手最終承認了罪行，同時道出了和千鶴和自己弟弟的過往以及殺害她的原因。

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

柯南眾人手表雖然找到了，但在護田家看MP4電影的出月被殺害了。柯南確信護田就是兇手，在調(diào)查了錄影帶機附近之后終于找到犯人利用錄影帶機而用花瓶砸暈出月的事實。而與此同時警局內(nèi)有關毛利的卷宗全部被翻閱過的事實讓柯南驚覺自己是不是被黑衣人組織再次盯上了。在解決時間之后柯南匆忙回到事務所發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人原來只是虛驚一場。

少年偵探團在放學的途中發(fā)現(xiàn)勾在S形鉤子上的結婚戒指。光彥說這是某個人的SOS的求救信號，少年偵探團的成員們開始搜索現(xiàn)場正在建的公寓。雖然中途誤會了島明夫婦，但是在大家的搜查下，柯南最終發(fā)現(xiàn)戒指的真真含義和“上原美里”的疑點。獨自面對犯人的柯南再次使用麻醉針逃離危險并救出被囚禁的上原美里。