小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無(wú)頭緒，水無(wú)一句無(wú)意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來(lái)這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無(wú)聊時(shí)寫的，接下來(lái)就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過(guò)這個(gè)按門鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒(méi)想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無(wú)意中粘在水無(wú)鞋上的竊聽(tīng)器得知，她居然是黑衣組織的人。

小蘭班上轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)與水無(wú)很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見(jiàn)面之后，柯南發(fā)現(xiàn)他只是一個(gè)極度迷糊的少年，也放下了心來(lái)，這時(shí)，事務(wù)所來(lái)了一個(gè)叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來(lái)到了他們初次相識(shí)的群馬滑雪場(chǎng)，沒(méi)想到他的伴侶居然在密閉的車內(nèi)死亡，雖然狀似自殺，但柯南認(rèn)為這是他殺案件，而兇手就是……

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

根據(jù)死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動(dòng)中，突然天降大雨，少年偵探隊(duì)進(jìn)入了大宅院內(nèi)機(jī)關(guān)重重的房子，元太認(rèn)為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機(jī)關(guān)，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動(dòng)，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因?yàn)樵拇中模蠹业袈湮葑拥淖畹讓樱瑳](méi)想到這里居然白骨遍地。

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識(shí)了兩情相悅卻無(wú)法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過(guò)篩選，具有殺人動(dòng)機(jī)的有四個(gè)人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說(shuō)曾見(jiàn)過(guò)福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，可福間卻對(duì)此沉默不語(yǔ)像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？