小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時候，目暮警官突然打來電話，說他們租來的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時速必須保持在20公里以上，否則就會引起爆炸，面對這種突發狀況，小五郎只能繼續開車等待警察前來救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產家矢口九衛門，警方立刻聯系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進行偵訊，發現每個人都有作案動機和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網上發現了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現在水無憐奈車禍現場的人。

阿笠博士和少年偵探團一起去看sprite的球賽，然而在最后關頭sprite卻輸掉了比賽，于是，一行人帶著低落的心情前往百貨公司，元太因為難以接受事實而獨自一人留下，可在踢球的時候因摔倒而短暫暈厥過去，待他醒來撿球的時，卻發現了之前在停車場結識的德國人滿頭是血，讓人疑惑的是他在陷入昏迷之前一直指著元太，所幸柯南破解了他留下來的訊息并將嫌疑人鎖定在三人之中。