為了補償先前被卷入鈴木號特快車內發生的恐怖事件，園子邀請毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以網球特別教練的身份也出現在那里，被球拍砸到的柯南不幸受傷，簡單的治療之后他被帶到附近網球社成員的別墅休息，當他醒來時卻發現房間里有一具不自然的尸體。

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當防衛，而是宅司利用自己太太的習慣策劃的謀殺，他的所作所為會讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險的宅司從安心到負罪感到恐懼的變化驗證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。

通過新架設的偵探事務所網頁得到了一份乍看之下很簡單的委托，當小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見面場所后依然沒有見到委托人，再次回到事務所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開事務所的他們發覺了其中的蹊蹺，再次回到事務所的他們準備揭穿嫌犯的手法，但在這時他們卻聽到了廁所里傳來的槍聲。

照經營管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說法，小五郎每個禮拜都會到她家里幫忙解決難題，對此感到難以置信的小蘭和柯南一起來到了桐谷婆婆家里等待，而出現的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內傳來了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發現尸體的三個房客之中。

以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔任的偵探而活躍的推理劇，正在負責寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調查了耕作房間的柯南等人發現了許多古董美術品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續的劇本傳送過來，在劇本中出現了奇怪的臺詞。