京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

福康安來勢洶洶，必欲加害紀曉嵐，不想迎面而來的竟是當今圣上，原來，太后、皇上一行已返回京城。紀曉嵐撫琴，小月吟唱，一曲《葬花吟》令人蕩氣回腸。紀曉嵐抓住時機，對紅樓極盡贊美之詞，并聲明《石頭記》就是《紅樓夢》，作者蒙受了不白之冤。使曾下令禁毀此書的皇上格外為難。 太后鐘情“紅樓”，紀曉嵐將書稿送入慈寧宮，并讓湘云伴讀，有了太后庇護，此書當逃被毀厄運。 皇上就書中是否有反清復明的傾向征求和、福康安意見，和受陳未元賄賂，建議改寫后四十四，以符合人倫禮教。 太后對紅樓人物津津樂道，每日與湘云品書說書，湘云天真，指望太后能幫她擺脫與陳未元的不幸婚姻，拂逆了其骨子里的三綱五常，被請出宮門。紀曉嵐利用和貪贓受賄，心中有鬼的心理，寧可放棄被之霸占的三幅字畫珍品，要求和出面，向陳未元施加壓力，給湘云自由。 太后聽信讒言，將湘云發配與其夫陳未元離京回原籍，紀曉嵐萬不得已，懇請皇上，他的坦蕩襟懷，至性至性終于感動了上蒼，然而一切都太晚了，湘云在百般痛楚中已自刎身亡。

紀曉嵐受和與欽差福康安陷害，被罷官免職。他巧施計謀，以須臾不離口的煙袋點燃路邊一串鞭炮，幫助小月、莫愁在混亂之中及時逃脫官兵的羈押。小月為避追殺，東躲西藏，不期而同曾自稱“許仙”的皇上，皇上的龍顏自然使本欲趕盡殺絕的福康安望而卻步，不明底細的小月卻在慌亂中忽略了其中的隱情，還自認為是福星高照。 云州知府吳大人受和指使，對紀曉嵐落井下石，將其書籍用具等毀于雨中，和則乘人之危故做好人，想利用紀的聰明才智，解開皇上關于身世的疑團，以便邀功請賞。紀曉嵐看穿了他的陰險虛偽，毫不客氣地反唇相譏。 皇上表面上解除了紀曉嵐的官職，實際上是要其以一介布衣之身份，迅速勘查云州一帶官員貪污賑災糧款、中飽私囊的大案，不致打草驚蛇，紀曉嵐欣然接受。 莫愁、小月等以舞獅子做掩護，將紀曉嵐、和與“許仙”劫為人質，既身陷囹圄，不免苦中作樂，三個人嬉笑怒罵，皆成文章，紀曉嵐更是不失時機，利用各種機會，使和丑態百出。

太后被紀曉嵐的肺腑之言所感動，答應出面參與調查。和珅的文字獄愈搞愈烈。和珅煽動乾隆命紀曉嵐將顏驥的藏書付之一炬，紀曉嵐巧設妙計保住藏書。如玉在和珅的安排下結識小月，小月對如玉的學識很是佩服并求教于如玉。看到小月的學問突飛猛進，紀曉嵐不禁對如玉產生好奇。小月將紀曉嵐介紹給如玉，紀曉嵐對如玉的品行頗為欣賞。和珅將摻有迷hun藥的煙草送給紀曉嵐，趁紀曉嵐神志不清時，和珅讓其寫下顏驥窩藏反書的奏章。如五發現家父的藏書均在紀曉嵐家中，于是誤認為紀曉嵐為霸占藏書而將顏驥迫害致死，不由對紀曉嵐更加仇恨。