聽(tīng)到自己將要被分派到鳥(niǎo)取縣警局進(jìn)行聯(lián)合搜查時(shí)，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時(shí)，柯南等人在上學(xué)的路上遇到了一個(gè)神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個(gè)人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒(méi)想到的是千葉警官和這個(gè)叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當(dāng)時(shí)，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？

某天，一個(gè)自稱(chēng)杉森政人的作家找到小林老師，說(shuō)想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來(lái)到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過(guò)調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

小蘭、園子和柯南在打掃工藤家的房子時(shí)，門(mén)鈴?fù)蝗豁懫穑@個(gè)人正是出演女高中生偵探小雪的上戶(hù)彩，她急匆匆跑來(lái)是想要拜托新一找一位關(guān)系要好但如今不知去向的老奶奶，柯南在不暴露身份的情況下詳細(xì)詢(xún)問(wèn)了奶奶離家出走時(shí)的情況，這時(shí)，園子說(shuō)她知道老奶奶的所在，于是，一行人來(lái)到了社樂(lè)紀(jì)念館，遺憾的是柯南等人趕到時(shí)，老奶奶已再次離去，他們能找到老奶奶嗎？

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒(méi)有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢(qián)而被打昏的片岡秘書(shū)大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語(yǔ)》又能否完美謝幕？