在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發現了粘在鞋底的發信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮駛去，柯南察覺到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮，而此時黑衣組織已經瞄準了小五郎……

13年前，發生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認為有恐高癥的波花不會接近關口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習慣和病癥，都不太可能是殺害關口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

水中逃脫魔術失敗的冬城在水槽內明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長等人則在錄像中確認了當時的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時小五郎卻發表了自己的推理，但很快被推翻。而在調查了現場之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

按照慣例，家里如果有人死去就要演奏安魂曲，于是，羽賀開始了他的演奏，就在大家沉浸于琴聲之中時，蓮希的奶奶突然從樓上墜落，警方在案發的房間里發現了被摔壞的仿品斯托拉地巴力毆斯以及窗邊的椅子，于是認為，蓮希奶奶很有可能是自殺，但是一夜之間發生兩起命案，并且死者都是在密室中死亡，難道是小提琴的詛咒再次應驗？

放學后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現了一個陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個男人，之后，她又發現自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認為鸚鵡一定被這個男人調了包，便瞞著柯南在暗中展開了調查，沒想到事實真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會有生命危險？