小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

少年偵探團幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南沖進浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險……

打棒球時，元太不小心傷到一名流浪畫家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來畫家悄悄離開。幾日后，畫家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫串聯(lián)起來，沒錯！兇手就是她。

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時，當?shù)氐睦暇煺f倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說出真相。

高中生偵探工藤新一與毛利蘭、鈴木園子，一起到電影導(dǎo)演永田彰宏的別墅玩。當永田以指導(dǎo)演技為理由，與新進女演員沙織熱吻時，永田的妻子，同樣也是知名女演員的知里突然現(xiàn)身，而且還突然打了沙織一巴掌，於是兩人開始產(chǎn)生激烈口角。為了要緩和氣氛，永田邀請大家一起喝紅茶...