小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅?；顒?dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時(shí)，便放棄交易開車沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來(lái)直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來(lái)到交易場(chǎng)所，見到了所謂的「歹徒」。

新一遭到某人綁架到白色房間，而且被迫回想起許多過(guò)去發(fā)生的案件。新一好像突然想到什麼，對(duì)著小蘭說(shuō)”這一切都是你做的”。可是就在此時(shí)，兩人突然被玻璃隔開，房間里放出白色的煙霧，不久後兩人都失去了意識(shí)。當(dāng)新一醒來(lái)的時(shí)候，已經(jīng)離開白色房間，而且在現(xiàn)場(chǎng)有很多警察。第一個(gè)反應(yīng)就是要找小蘭的他，卻發(fā)現(xiàn)法醫(yī)站在小蘭身邊，而且後來(lái)還告訴她小蘭已經(jīng)死掉的消息...

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，說(shuō)總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來(lái)到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰(shuí)才是真正的兇手。

小蘭、園子和柯南三人滑雪時(shí)，意外的碰到小蘭的小學(xué)老師米原等人，并在他們的邀請(qǐng)下住進(jìn)了滑雪別墅里，當(dāng)晚，園子和米原被人襲擊，之后還發(fā)現(xiàn)了遲到的杉山被人勒死的尸體，他們?nèi)齻€(gè)人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個(gè)字，看到這些字下田回到自己房間躲起來(lái)，柯南和阿笠博士聯(lián)系后得知三年前杯戶小學(xué)發(fā)生過(guò)自殺案件，當(dāng)時(shí)自殺的學(xué)生就叫望月美奈子。