警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近?？履蠎岩杀瓚羰芯频暌苍S還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時候平次指出了他殺的證據(jù)。

毛利偵探事務(wù)所來了三個委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內(nèi)沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？

某個星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無頭緒的時候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說這個人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？