正在進行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

與服部一起來到東京的和葉在家庭餐廳買真空包裝咖喱時遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機會進行一場推理對決。趕到案發(fā)現(xiàn)場之后，柯南、服部等人見到了第一個發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽到過的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關(guān)西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。

少年偵探團利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點是小蘭非常喜歡的甜點，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調(diào)查。

從火災現(xiàn)場逃出來的柯南等人看到的是跪坐在地上的初穗，想要殺害館長的三人卻反被殺害，而初穗承認自己失手將想要對館長下手的姐姐殺死，看到現(xiàn)場遺留的物品后柯南有了線索，這并不是一起單純的正當防衛(wèi)，在這個事件的背后還隱藏著不為人知的真相，隱藏在能面背后的真正兇手到底是誰？

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時大家看到了浮現(xiàn)在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發(fā)現(xiàn)了次男的尸體，案件愈發(fā)的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關(guān)系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。