某日，一個叫上田丈二的醫師找到小五郎，拜托他調查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當他們來到吉村所在的公寓剛準備上樓時，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發現吉村的尸體，目暮警官趕來之后，對吉村的公寓進行了仔細的調查，而柯南卻將注意轉移到了住在六樓的上田身上。

砂岡被槍殺了，來福槍在山里被發現所以認為是外部的人干的。但是有疑點，柯南在詢問了小五郎之前與砂岡的電話內容之后明白了明白山莊里的人物也可以殺人后，柯南發現了散落的玻璃碎片，明白了犯罪的手法。再一次的借毛利小五郎的身份指出了犯人。而犯人的計劃也因為鞋子上粘到的玻璃碎片宣告失敗。

柯南等也到同一個餐廳吃飯，聽說與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發生了殺人事件。柯南已經確認了犯人的真實身份并利用因為泡到海水里無法確定死亡時間這個baga套出了犯人的話，面對現實，犯人最終承認了自己的罪行。因為殺死了自己的父親而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發怒的兇手最終在小蘭的話語中認識到自己的錯誤。

柯南，小蘭與小五郎向著溫泉的途中，在遭苛政君主殺害的戰國武將沖滑秀友的墓前祭祀時。正巧結識了住在這里的一戶人家。還聽說了關于秀友鎧甲的詛咒的傳聞。接著那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，還知道了當天也是這家人家中的父親因工廠倒閉即而自殺，即這個鎧甲原來的主人的祭日。

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調查與警方發生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時村長船木出現并提出委托費為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進入神社的蘭的尖叫聲！？