小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

小蘭、園子和柯南三人滑雪時(shí)，意外的碰到小蘭的小學(xué)老師米原等人，并在他們的邀請(qǐng)下住進(jìn)了滑雪別墅里，當(dāng)晚，園子和米原被人襲擊，之后還發(fā)現(xiàn)了遲到的杉山被人勒死的尸體，他們?nèi)齻€(gè)人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個(gè)字，看到這些字下田回到自己房間躲起來，柯南和阿笠博士聯(lián)系后得知三年前杯戶小學(xué)發(fā)生過自殺案件，當(dāng)時(shí)自殺的學(xué)生就叫望月美奈子。

因洋子推薦慈善高爾夫大會(huì)，小五郎抓緊練習(xí)，而在高爾夫球場還有其他一行人打球，分別是某開發(fā)部的經(jīng)理橘、課長安井、主任大久保和社員南，橘和安井的技術(shù)非常好，安井將球打完后，休息了一會(huì)兒便離開了，這時(shí)，球場突然發(fā)生爆炸，橘死亡，除離開的安井外，其他兩人均受傷，小五郎順利的推理出兇手就是安井，但柯南確認(rèn)為真兇另有其人……

小五郎三人陰錯(cuò)陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長女麻理子擔(dān)心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時(shí)，游輪突然停電，隨之而來的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發(fā)現(xiàn)這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開，兇手真的是突然消失的小武嗎？