唐三帶著小舞急匆匆趕回學苑，準備參加下午的魂師會長競選大會，小舞信心滿滿，沒想到競選大會早已經結束了，蕭塵宇仗著人多勢眾當選了魂師會會長，還給附課生準備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒有時間上課，就連魂力訓練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因為諾丁城和學苑都是蕭氏家族的。唐三無意中發現城主府的魂師凌風派人抬著一個笨重的鐵籠子來到學苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿腹疑慮，就用意念召喚藍銀草，想進去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩定心神讓自己靜下心來，藍銀草越長越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風抓來的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現一圈白色的魂環，蕭塵宇把魂環緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚言要和唐三決一死戰。唐三連夜去找玉小剛請教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應幫他獲得魂環，讓他今晚準時來見面。深夜時分，唐三看到小舞已經熟睡，就匆匆趕來見玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環，可是需要武魂殿的通關手令才能進森

外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪?？履喜煊X到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。

千葉警官在警局四處詢問有關“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務所，委托小五郎調查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發生殺人案件，這兩者是否有聯系？

柯南在靈車中發現了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團趕到會場后才發現葬禮已經結束，而靈車正開往火葬場。情況十萬火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場，而棺材內卻并沒有找到柯南，在大家束手無策時又傳來了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報廢場，在不知道靈車內有人的情況下柯南的處境十分危險。

根據友寄夫人的回憶，寫有打開機關盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關盒的展廳，卻發現基德早已留下卡片逃之夭夭。