柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報告時，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險？

小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎開車的時候幫助了車子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會，期間耕作因兒女們的爭吵以及女兒文子的到來大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說自己雖恨父親，可兇手不是她，這時，柯南看到了室外的化肥……

戶屋英子是服裝界的名設(shè)計師，但是她所設(shè)計的服裝卻搶先被其它的廠商發(fā)表上市。明明知道是她的秘書盜取商業(yè)機(jī)秘圖利轉(zhuǎn)售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發(fā)現(xiàn)英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現(xiàn)場之后柯南最終發(fā)現(xiàn)了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認(rèn)了自己的罪行。