京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐受和與欽差福康安陷害，被罷官免職。他巧施計謀，以須臾不離口的煙袋點燃路邊一串鞭炮，幫助小月、莫愁在混亂之中及時逃脫官兵的羈押。小月為避追殺，東躲西藏，不期而同曾自稱“許仙”的皇上，皇上的龍顏自然使本欲趕盡殺絕的福康安望而卻步，不明底細的小月卻在慌亂中忽略了其中的隱情，還自認為是福星高照。 云州知府吳大人受和指使，對紀曉嵐落井下石，將其書籍用具等毀于雨中，和則乘人之危故做好人，想利用紀的聰明才智，解開皇上關于身世的疑團，以便邀功請賞。紀曉嵐看穿了他的陰險虛偽，毫不客氣地反唇相譏。 皇上表面上解除了紀曉嵐的官職，實際上是要其以一介布衣之身份，迅速勘查云州一帶官員貪污賑災糧款、中飽私囊的大案，不致打草驚蛇，紀曉嵐欣然接受。 莫愁、小月等以舞獅子做掩護，將紀曉嵐、和與“許仙”劫為人質，既身陷囹圄，不免苦中作樂，三個人嬉笑怒罵，皆成文章，紀曉嵐更是不失時機，利用各種機會，使和丑態百出。

盧焯告知和珅往來于兩人之間負責傳信的家丁被殺，雖然信件沒有丟，但在家丁身上卻發現了一首詩，暗示此舉是紀曉嵐所為。正當和珅擔心自己與盧焯的暗中交易有所敗露時，卻碰巧發現為了寫書而在茶社里擺攤收故事的紀曉嵐。乾隆向和珅詢問盧焯此人，和珅以為乾隆在試探自己。和珅假意推薦紀曉嵐前往浙江調查盧焯，誰知弄巧成拙，正合了乾隆的心意。和珅以買古董為由將乾隆帶到茶社附近，示意躲在暗中的阮媽適時出現，阮媽按照和珅的吩咐向紀曉嵐講述小月的身世，那邊廂，小月也在對杏兒講述著紀曉嵐對自己的恩德及自己對紀曉嵐的情意。紀曉嵐狼狽不堪地回到家里，提議讓小月嫁人，讓謠言不攻自破，小月氣極，表示除非讓皇上做媒

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

和珅知道紙里包不住火，于是將齊蘇圖的贈銀封好，以便日后上繳以示清白。乾隆暗示銀妃要堅決查辦齊家，銀妃佯裝大義滅親，以死來表示自己不愿讓乾隆為私情所累，乾隆深受感動，表示不再追究齊家。太后此時也出面對銀妃予以袒護。劉全跟蹤紀曉嵐找到工匠住處。瘋癲的洪仁趁眾人不備跑出院子，被劉全劫持。紀曉嵐無意中發現了古大力挖的暗道。和珅惟恐自己被連累其中，于是讓劉全將工匠的藏身之處透露給齊家，再制造洪仁瘋癲之中縱火的假象以害死洪仁。小月夜闖皇宮，讓乾隆秉公執法，查辦齊家，乾隆卻表示礙于親情，無能為力。紀曉嵐再次披露齊家貪贓枉法的罪行，乾隆大怒。齊蘇圖趁紀曉嵐去給工匠送飯之機，將房子點燃。紀曉嵐等人猶如甕中之鱉。