在幫純子小姐調查入室偷竊的時候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調查附近鄰居時柯南看出了端倪。所調查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒有找到關鍵的證據，小五郎在電梯里整理儀容時柯南突然明白了什么。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

唐三召喚出藍銀草，藍銀草迅速長大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實了唐三的第二魂環繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍銀草的種子神不知鬼不覺埋在對手的皮膚表面，然后用鬼藤把對手死死纏繞。唐昊蒙面來到諾丁城，他當街攔住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當天夜里，諾丁城里歡聲雷動，人們自動取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來，交給他一瓶修復武魂的藥水，讓他們三人用完以后好好休息一晚，就可以完全恢復了，唐昊承認殺死了諾丁城主，他不想驚動唐三，想不告而別。唐三突然跟出來，他通過藍銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認錯，發誓再也不會離開家，答應以后再也不問他以前的事了，就想和唐昊繼續在這里隱居，平平安安過一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨立，讓玉小剛帶他去一個最適合的地方，說完這些話，唐昊就揚長而去。唐三向大師打聽父親的真實身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學苑，成為最強大的魂師，由于唐昊堅決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細介紹了七大宗門辦的魂師學苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得

喜歡刁難人的管理員并沒有告訴由美等人過多的線索，柯南結合能夠得到的信息一步步推敲終于有了結果，輸入密碼后筆記本電腦只是切換到了前置鏡頭，而那封裝有結婚登記表的信封早已被管理員塞回了由美的上衣口袋里。就在眾人打算去比賽會場時秀吉打來了電話，他告訴由美可以丟掉信封，因為心事重重的他已經輸掉了比賽。

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。