從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當(dāng)防衛(wèi)，而是宅司利用自己太太的習(xí)慣策劃的謀殺，他的所作所為會(huì)讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險(xiǎn)的宅司從安心到負(fù)罪感到恐懼的變化驗(yàn)證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會(huì)，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長急忙拜托調(diào)查。

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對(duì)警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問出同伴的下落。火勢蔓延的很快，小哀迫于無奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會(huì)帶給他們很大的麻煩。