柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

小五郎參加電影《死神陣內(nèi)》試映會(huì)時(shí)，主演南條的太太拜托他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內(nèi)的出現(xiàn)，可沒想到死神真的出現(xiàn)了，在大家追死神的時(shí)候，南條被殺，警方在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經(jīng)理人吉野遭到槍襲，大家都認(rèn)為電臺(tái)導(dǎo)演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個(gè)人比他更有殺人動(dòng)機(jī)。

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之托，調(diào)查他太太丸稻子是否有外遇。結(jié)果遇到傳次郎有客人來拜訪。但是兩三個(gè)小時(shí)過去后仍然不見傳次郎的蹤影，在進(jìn)入的房間后發(fā)現(xiàn)傳次郎已經(jīng)被殺害！而房間的墻壁上也不滿了劍痕。經(jīng)過調(diào)查后犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來拜訪傳次郎的客人中。最終通過勘察現(xiàn)場(chǎng)柯南發(fā)現(xiàn)了死者留下了死亡訊息并最終找出了犯人。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

毛利偵探事務(wù)所來個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。