新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號，這個(gè)寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來的足以買下國家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號，順著線索來到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

30年前，莊堂胡桃被一位少年從車禍中救回一命，如今，她想把偶然中得的一億獎(jiǎng)金轉(zhuǎn)送給自己的恩人，線索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海灘的記憶，期間，有兩名男子前來認(rèn)領(lǐng)，為了辨認(rèn)誰才是正牌貨，柯南他們來到了莊堂家，沒想到在這里碰到了正在追查快要超過追訴期的殺人案的目暮警官，因?yàn)槟敲麅词稚砩弦灿幸坏纻邸．?dāng)晚，小五郎泡澡的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)管家保谷泰輔背上有一道傷痕，胡桃回憶中的少年究竟是誰呢？

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

在屋內(nèi)調(diào)查的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)了多處疑點(diǎn)，干凈的浴室、沒有插電的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣機(jī)內(nèi)的衣服，就在他苦思冥想到底誰是兇手時(shí)，園子無意中的一句話提醒了他，原來榔頭男從一開始就不存在，這不過是都市傳而已，就在目暮警官等人一頭霧水時(shí)，柯南將園子麻醉，利用變聲領(lǐng)結(jié)道出了真相。