董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

中忍考試第二場比賽開始了，搶奪旗幟戰的規則是在守住自家旗幟的同時進攻敵陣，這場比賽將要淘汰半數的隊伍。第七班選擇博人駐守陣地，而巳月和佐良娜展開攻勢，讓他們沒想到的是敵方三人全都選擇進攻，千鈞一發之際博人使用了科學忍具。得知兒子通過第二場比賽后鳴人非常高興，但他還不知道博人的作弊行為。

木葉村出現了大規模的民眾游行，他們針對村中的富人和大企業展開聲討，電氣家的雷門公司也未能幸免。這一切都是白夜團煽風點火造成的，他們利用民眾對生活的不滿和日常的壓力借機制造混亂。鹿臺猜出兩義是白夜團的成員，但他卻不想和兩義動手，他只能眼睜睜看著兩義從眼前逃走。

曹操（鮑國安飾）安排兩位夫人和劉備共居一宅，關羽在屋外站立一夜，曹操有意勸降關羽，送他新戰袍和呂布的千里馬，關羽感恩不已但執意要回到劉備身邊，曹操深感關羽為真義士。袁紹與曹操一戰，顏良勇猛殺敵，在曹操受到嚴重挫折的時候，關羽斬殺了袁紹的大將顏良，為曹操解圍，立了大功，曹操上表奏請朝廷、封關羽為漢壽亭侯，還專門鑄成一枚大印送給關羽。在隨后的戰斗中，關羽又追殺了袁紹的另一員大將文丑，正是這次戰斗，劉備（孫彥軍飾）知道了關羽在曹操手下；不久，關羽也得知兄長劉備在袁紹那里，并且收到袁紹部下送來的劉備親筆信，當時就寫了回信，由來人帶回。關羽把劉備兄長的消息告知嫂夫人以后，就到丞相府向曹操告辭。曹操知道他的來意，在大門上懸掛了回避的牌子，關羽一連去了好幾次，都見不到曹操。張遼也推托有病不接見。關羽知道他們的用意，就寫了一封信，派人送到相府。然后把歷次所收受的金銀都封存起來，把漢壽亭侯的大印懸掛在大堂上，帶著以前的部將，護送著兩位嫂夫人，向著官道進發，去投奔劉備了。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。