通過大和警官對若松社長死訊的調查，已經被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調查仰慕若松社長的人，一方面開始調查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒被檢查的社長夫人卻死在了自己的房間里。

正在用餐的毛利突然接到了一通電話，而打來的人是曾近因為銀行搶劫而被毛利逮捕的冰室，在電話中冰室說有一個人會因為毛利死去。毛利與冰室沖突的一面被很多人目睹，而曾經指正過冰室的沼尾不幸墜亡，毛利不光名聲受到了影響還間接為冰室做了不在場證明，看到整日酗酒的毛利后柯南準備出場了。

為了某人的關系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過對高木警官影像的分析柯南鎖定了監禁的地點為北海道，寒鴉和只會在寒冷北海道北海道出現的日柱現象證明的柯南的觀點，但他們依舊無法找到監禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認真查看過影像后他找到了答案。

少年偵探團利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點是小蘭非常喜歡的甜點，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調查。

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當防衛，而是宅司利用自己太太的習慣策劃的謀殺，他的所作所為會讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險的宅司從安心到負罪感到恐懼的變化驗證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。