警方從案件相關(guān)人的口中得知，一年前被害者曾在這個(gè)停車場(chǎng)撞死過一個(gè)小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因?yàn)楫?dāng)時(shí)被害者穿著厚底鞋而無法及時(shí)剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時(shí)，只身在百貨公司內(nèi)的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機(jī)時(shí)候，目暮警官及時(shí)出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數(shù)日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時(shí)，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風(fēng)險(xiǎn)，讓他謹(jǐn)慎考慮，并在他面前擺出三個(gè)選擇，柯南會(huì)如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會(huì)的當(dāng)天，話劇在體育場(chǎng)上演的時(shí)候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時(shí)，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當(dāng)他摘掉隱藏身份的帽子時(shí)，在場(chǎng)的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會(huì)出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個(gè)家伙的真實(shí)身份。

正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場(chǎng)拿到寫著暗語(yǔ)的紙條。從寫著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調(diào)查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時(shí)突然聽到槍聲，循聲去看時(shí)金澤氏已經(jīng)被殺害。毛利和警官發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的機(jī)關(guān)推測(cè)犯人可能是外部人員但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)了兇手就是在島上的內(nèi)部人員。在罪證面前兇手最終承認(rèn)了罪行同時(shí)道出了因?yàn)榻饾赏当I自己設(shè)計(jì)而最終走上不歸路的事情。

服部在參加劍道比賽的時(shí)候，竟然發(fā)生了命案，死者是大學(xué)生劍道選手垂見，然而奇怪的是，尸體不知道被什么人從第二會(huì)館倉(cāng)庫(kù)搬到了游泳池的更衣室，為了趕在柯南等人到達(dá)大阪之前破案，服部匆忙離開比賽會(huì)場(chǎng)展開調(diào)查，雖然與垂見同隊(duì)的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但卻找不到有力的證據(jù)也無法解釋尸體如何移動(dòng)，就在服部著急破案之時(shí)，服部的勁敵沖田上場(chǎng)連連擊敗他的隊(duì)友。