就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個字母，并將數(shù)字時鐘上被劃痕分開的11：0結(jié)合起來，解開了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號，再次回到了鴿子時鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……

大樓下面已經(jīng)被記者圍堵，目暮警官讓小五郎暫時引開記者的注意，自己好帶土方幸三郎和沖田離開，就在小五郎對記者透漏兇手是沖田時，柯南將他麻醉重新進行了推理，并指出兇手另有其人，而這個人就是正在警方掩護下準備離開的……柯南當著所有媒體的面揭穿了兇手并用找到的有力證據(jù)讓他認罪。

次日，山岳莊內(nèi)發(fā)出小蘭的慘叫，柯南等人趕到后發(fā)現(xiàn)恭子被人刺殺，就在大家推測出誰是兇手時，河邊晃、潮文造和管理員都不見了蹤影，小五郎認為潮文造有危險便急忙跑入山中，不想?yún)s碰上地震，他們救了河邊晃后返回山岳莊，河邊晃承認了自己的罪行，但卻否認自己是銀狐，那么銀狐到底是誰？潮文造又是出于什么樣的目的委托小五郎？

土屋益子雖然被認為是因為打破了菊右衛(wèi)門的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場的血跡時發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來欺騙他人而殺人的事實。