千葉警官在警局四處詢問有關“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務所，委托小五郎調查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發生殺人案件，這兩者是否有聯系？

在被害人波土的遺物中發現了他親手所寫的字條，經紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發現的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

小五郎帶蘭和柯南來到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來休閑的女大學生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當他昏昏欲睡之時，河邊突然出現了異變。河水突然變紅，順水而下居然有一具尸體飄了過來，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來后大家驚覺這居然是剛才的女大學生之一的秋葉夕子。

米小圈要去扔垃圾，忽然看到門口還有一個大箱子，還以為是自己家的垃圾，他很快將這個箱子一起推到電梯口，箱子是鄰居的，開門拿東西卻看到紙箱被人推到電梯口，因為急著回屋接電話，匆匆忙忙出來看到箱子又被人給推到電梯口了。米小圈也很奇怪，明明把紙箱帶到電梯口兩次，卻轉眼莫名又回來了，終于將對面鄰居抓個現行，鄰居摘下眼鏡告訴米小圈，他是個作家，擔心米小圈不相信還把自己出的書給他看。對照了書上的照片之后，米小圈對作家非常膜拜，原來名人就住在自己隔壁。不久，米小圈的作文被登到雜志上，同學們羨慕得不行，米小圈卻自嘲這有什么，他將來是要當作家的，同學們紛紛嘲笑他吹牛，讓米小圈出版一本書給他們看看。米小圈從來沒有寫書的經驗，寫一本書至少要好幾萬字，爸媽也沒有寫作的經驗給米小圈出的主意都沒有可行性，米小圈忽然想到隔壁還有個大作家可以用，立刻登門拜訪。已經過了飯點，大作家還沒有吃飯，看到米小圈要磕頭拜師，大作家立刻擺擺手，讓他不要搞這些形式主義，說著打了一個餓嗝，看到師父餓了，米小圈立刻跑回家找方便面火腿腸，媽媽看到米小圈要送拜師禮，立刻將家里僅剩的牛肉罐頭拿給米小圈。作家吃了牛肉罐頭，開始認真給米小圈教導如何