女主播水無憐奈拜托小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，并且門口還曾出現過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發信器，企圖竊聽門外的動靜，之后，又獨自來到隔壁房間調查并在玻璃門上發現了“木、美、和”三個字。

柯南和光彥等人在放學的路上遇到了警察辦案，詢問得知，一個叫江上的婆婆被自己家陽臺的花盆意外砸死，鄰居們都把江上稱為“烏鴉婆婆”，她曾偶然在垃圾堆里翻出中獎券，于是便常常去翻垃圾窺探鄰居的隱私，而招致大家的反感，就在警方想以意外事件結案時，柯南察覺到從樓頂掉下來的花盆很奇怪，經過調查，他認定這是一起蓄意殺人事件。

情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫院，當白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現在能做的就保護犯案現場等待警察的到來。期間柯南對現場進行調查發現了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

與黑衣組織的戰斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊獲知同樣就讀帝丹小學的雨宮翔子突然消失，據說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經深入學校？為找到翔子，放學后大家展開了調查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時，由美出現……

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時擔任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊出動，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對人財兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？