案件終于有了眉目，就在柯南和大和針對謎題展開討論時(shí)，高明從昏迷中蘇醒，三人一起計(jì)劃了一出空城計(jì)。他們故意對三個(gè)嫌疑人放出關(guān)鍵信息，引誘他前去直木司郎家找重要的證據(jù)，果然不所料兇手暗中潛伏在直木司郎家附近，為了讓狡猾的他放松警惕，柯南聯(lián)合小蘭、大和等人上演了一場能證明周遭沒有警察的犯罪戲碼，引誘兇手自投羅網(wǎng)。

意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問，高明警官謊稱在門把上檢驗(yàn)出他們的指紋來觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽說了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

這兩人竟然是長野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個(gè)很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨(dú)自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時(shí)，大和警官的死對頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進(jìn)行調(diào)查。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？