小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

柯南離開時(shí)雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團(tuán)卻私自行動(dòng)，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報(bào)警的時(shí)候被歹徒發(fā)現(xiàn)。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習(xí)帶的目的后，歹徒惱羞成怒點(diǎn)燃屋內(nèi)的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問，并且在對個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。

女性實(shí)業(yè)家兒島郁子在家中被殺，死的時(shí)候她身著睡衣臉敷面膜，在這個(gè)案件中有三名嫌疑人，TM證券營業(yè)所的警衛(wèi)泉、死者的女兒千尋以及尸體發(fā)現(xiàn)者吉岡，他們都曾在死者生前與她見面，泉可以暫時(shí)排除嫌疑，因?yàn)榘赴l(fā)時(shí)他正好碰見小五郎，可千尋卻說他有殺人動(dòng)機(jī)，三名嫌疑人陷入了互相揭露動(dòng)機(jī)之中，「兇手的指針」在他們?nèi)伺腔玻烧嫦嘀挥幸粋€(gè)。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？