結(jié)束大致的案件詢問之后柯南一行人決定開車送圭小姐回家，卻發(fā)現(xiàn)圭小姐家中被安裝大量的竊聽器，在尋找竊聽器的安裝地點(diǎn)時(shí)竟然找到了一具男尸。另一方面跟著打算買東西的圭小姐而離開公寓的柯南被綁架，接到小蘭的電話后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下開始追蹤，而了解了事情始末的世良也前去和小蘭會(huì)面。

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長急忙拜托調(diào)查。

備受期待的黑色玫瑰演唱會(huì)即將開始，因?yàn)殚T票而卷入麻煩的園子又遇到了錯(cuò)怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價(jià)拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對(duì)象，但當(dāng)他們前去詢問時(shí)才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場(chǎng)卻讓柯南感覺到了強(qiáng)烈的違和感。

一封寄給服部平次奇怪的信件，里面有著一個(gè)月前殺害設(shè)計(jì)公司社長若松耕田先生的殺人兇手寄來的東西，和葉代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜訪了若松先生的大阪老家，在哪里他們看到了一個(gè)頭發(fā)很長令人毛骨悚然的人，而這個(gè)人在停電的時(shí)候卻消失的無影無蹤，更奇怪的是若松先生刻在瓷磚上的死亡訊息也跟著消失了。