通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當二人交談甚歡時，突然有一輛車從沿海公路上沖破護欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實施救援，卻發現駕駛員已當場死亡。根據秀一的推斷，案發前車上應該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點重重……

為了追蹤倉田屋駒吉的下落，柯南等人來到荻市進行調查，卻不慎遭到了神秘人的槍擊，所幸無人受傷。因擔心明日香的安危，毛利小五郎迅速向明日香致電，正當二人通話時，明日香卻遭到了神秘人的綁架。寶田先生告訴眾人犯人疑似是藤木律師，并猜測明日香被綁架的地點在指月公園。而柯南則在明日香掉落的手機中發現了其他線索，只身一人前往目的地搜尋明日香的下落。

米小圈和姜小牙還有鐵頭去了器材室，本來是想在里邊逛逛，忽然發現桌子上放了一盒炸雞，鮮美的炸雞還冒著熱氣，鐵頭和姜小牙還有米小圈立刻大快朵頤，將炸雞吃得一塊不落的時候，米小圈百無聊賴地翻找器材，忽然看到一個神奇的怪物，嚇得他哇哇大叫，三個人連滾帶爬逃走了。課間十分鐘，姜小牙和米小圈無意中看到李黎將家里的小烏龜偷偷給帶來了，原來外表冷酷冰清玉潔的李黎也有養寵物的嗜好，米小圈竊喜，有了這個把柄今后她再也不能找他們麻煩了。最近班上有同學開始追星，李黎也不例外，米小圈有一次偷偷看到李黎親手寫的一封信，原來李黎的偶像是歐陽樂樂，這個手腳并彈的音樂奇才，不僅有才，人長得又帥，老師是不允許追星的，米小圈覺得自己又抓到了李黎另一個把柄。李黎發現米小圈像小狗一般總是圍著她轉，這可不是好現象，她很快買通了鐵頭，鐵頭智商根本不在線，將米小圈私下看李黎信箋的事情又給暴露了。看來要給米小圈點厲害了，就知道米小圈膽子小，李黎特意邀請他去欣賞奪命小木屋。來到奇妙小屋，李黎和米小圈都支支吾吾不敢進去，為此他們吃巨無霸熱狗，巨無霸爆米花，最終還是被一群人的衣服給帶入奇妙小屋。這奇妙小屋中不僅有驚悚的音樂，還有一些稀奇古怪

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

7年前杯戶街上發生了一起搶劫殺人案，案件當時只有一個目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特攝劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因為當年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。