就在萬(wàn)由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫(xiě)著“要知道真相就一個(gè)人來(lái)”的信息！而就在柯南追過(guò)來(lái)之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬(wàn)由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬(wàn)由美之前曾來(lái)過(guò)這里。晚上萬(wàn)由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來(lái)。

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來(lái)賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽(tīng)到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤(pán)，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開(kāi)倉(cāng)庫(kù)的門(mén)時(shí)，里面的寶物就全都消失不見(jiàn)，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

白鳥(niǎo)警官記憶中的少女小林老師在煙火大會(huì)的夜晚目擊了一場(chǎng)謀殺案件，作為證人的她向白鳥(niǎo)警官提供了三條線索即兇手和死者爭(zhēng)執(zhí)的聲音、疑似搬家公司的貨車以及兇手的背影，在警局接受偵訊的期間，小林老師無(wú)意中得知白鳥(niǎo)警官曾追求過(guò)和自己很像的佐藤警官，這個(gè)消息沉重打擊了小林老師，難道自己只是佐藤警官的替身？抱有這樣想法的她該如何面對(duì)白鳥(niǎo)警官。

這個(gè)安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無(wú)辜公民的綁著炸彈的那個(gè)男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡(jiǎn)訊，根據(jù)目擊者所說(shuō)傳簡(jiǎn)訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開(kāi)了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動(dòng)。