小蘭班上轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)與水無(wú)很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見(jiàn)面之后，柯南發(fā)現(xiàn)他只是一個(gè)極度迷糊的少年，也放下了心來(lái)，這時(shí)，事務(wù)所來(lái)了一個(gè)叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來(lái)到了他們初次相識(shí)的群馬滑雪場(chǎng)，沒(méi)想到他的伴侶居然在密閉的車內(nèi)死亡，雖然狀似自殺，但柯南認(rèn)為這是他殺案件，而兇手就是……

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門(mén)的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。

小五郎受狩谷伴子太太所托來(lái)到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對(duì)可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問(wèn)，卻并未找到，反而在小五郎等人離開(kāi)的時(shí)候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰(shuí)也沒(méi)想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對(duì)狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場(chǎng)證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無(wú)頭緒，水無(wú)一句無(wú)意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來(lái)這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無(wú)聊時(shí)寫(xiě)的，接下來(lái)就是門(mén)鈴之謎，翌日門(mén)鈴再次響起，不過(guò)這個(gè)按門(mén)鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒(méi)想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無(wú)意中粘在水無(wú)鞋上的竊聽(tīng)器得知，她居然是黑衣組織的人。