大家找到校長詢問他下雨的時候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因為他與保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯，制造靈異事件的就是那個人!

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場的還有一個叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識死者。與此同時，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會面。兄弟兩人在同一時間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？

13年前，發(fā)生過的國友淳大的沉船海難事件和公館全體工作人員的家屬死亡事件漸漸的浮上水面。柯南認(rèn)為有恐高癥的波花不會接近關(guān)口被殺的3層的陽臺，所以很難行兇。同樣茂子，綿引，赤冢也有奇怪的習(xí)慣和病癥，都不太可能是殺害關(guān)口的犯人。而在藥瓶上檢測出來的未知的指紋更使兇手的身份疑團(tuán)加深，但是在柯南的推理下最終確定了兇手的身份。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認(rèn)為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發(fā)時看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數(shù)依次擺放的細(xì)節(jié)并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。

警方并沒有找到柯南等人看到的當(dāng)時那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開的時候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……