利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學，當時三個人優哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當時米小圈還抱著一個大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們三個人過來，當時鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發現自己與死亡擦肩而過，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個空隙，這個空隙中就有米小圈，真是萬幸中的萬幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發現自己在鐵頭的懷抱中毫發無損，頓時感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當場就語塞，平日里與鐵頭形影不離，關鍵時刻鐵頭卻選擇了保護姜小牙。當天，學校便因為鐵頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學校有名的通訊小記者何詩雨特意來到米小圈班級采訪調查，李黎艷羨地看著何詩雨，這個全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動全校，果真何詩雨采訪了米小圈班級同學，只撿對鐵頭有利的說，用生動形象的語言把鐵頭塑造成一個妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學了，鐵頭拉

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經營舊書店的事感到很不滿，爭執中眾人不歡而散。在光彥的帶領下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準備觀看蒸汽機車發動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發現裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

根據死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發現還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經知曉自己的真實身份。

外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。