小五郎三人陰錯(cuò)陽(yáng)差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠(chéng)勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來(lái)管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉(cāng)庫(kù)，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見(jiàn)了蹤影。

小川醫(yī)生這兩年來(lái)不斷收到未署名的錢(qián)和玩具，實(shí)在是不知道來(lái)歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開(kāi)始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過(guò)程中看到柯南翻閱病例的小蘭對(duì)柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來(lái)到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團(tuán)，但此次旅行的主辦人旅店的老板金谷，被人鎖在車(chē)?yán)锿葡律窖逻€引發(fā)的爆炸，而被孤立無(wú)法與外界聯(lián)系的旅客，因?yàn)椴幌Ｍ俪霈F(xiàn)死者，都集合在旅店房間里，說(shuō)自己已經(jīng)知道兇手是誰(shuí)的綾子，在車(chē)庫(kù)里爆炸身亡，就在大家討論誰(shuí)是兇手時(shí)，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。