旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來(lái)到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見(jiàn)了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來(lái)了電話說(shuō)三段壁的樹林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。

在收集線索時(shí)，柯南并沒(méi)有像以前一樣提出很多的質(zhì)疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測(cè)，之后他們?cè)谀硞€(gè)房間里發(fā)現(xiàn)了本不該出現(xiàn)在這里的拖把，有了這樣?xùn)|西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測(cè)，于是他想要找到能推翻自己想法的證據(jù)，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認(rèn)的方向發(fā)展，面對(duì)如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

阿笠博士帶柯南和少年偵探團(tuán)去伊豆的海水浴場(chǎng)游玩，無(wú)意中聽(tīng)到了當(dāng)?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭(zhēng)吵，雙方還約定晚上8點(diǎn)餐廳里見(jiàn)。但荒卷卻遲遲沒(méi)有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查之時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點(diǎn)，而死者滿是劃痕的手機(jī)使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實(shí)名目，但是犯人的殺人動(dòng)機(jī)又是什么呢？

小蘭抽空和園子一起去上陶藝課，柯南暗中尾隨但被人發(fā)現(xiàn)，之后便和小蘭她們一起做陶藝，這間陶藝教室除了擔(dān)任講師的美濃先生還有他的助手笠間菊代，這時(shí)，美濃的女婿素夫剛好回來(lái)，沒(méi)有想到在他回來(lái)沒(méi)有多久竟然不見(jiàn)了，最后大家在倉(cāng)庫(kù)內(nèi)發(fā)現(xiàn)了被人用領(lǐng)帶勒死的素夫的尸體。