柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱?，大伯的弟弟阿保熱情招待他們，就在這個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

大名鼎鼎的巽律師找小五郎來酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過巽律師家時(shí)，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時(shí)他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場(chǎng)證明，柯南決定重回酒店開始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個(gè)。

毛利偵探事務(wù)所來個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服?？此坪翢o(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。